Nació en Oaxaca en el año de 1774. Hijo de José Antonio Sánchez de Bustamante y Jerónima Merecilla y Osorio.
Estudió Gramática y Filosofía en la ciudad de Oaxaca así como el bachillerato de Artes en México, y luego volvió a Oaxaca para estudiar Teología en el convento de San Agustín.
En el año de 1794 inició sus estudios en jurisprudencia en la Ciudad de México, obtuvo el título de abogado en Guadalajara en 1801.
Como abogado llevó la defensa de Lucas de Gálvez, autor moral del asesinato del gobernador y capitán general de Yucatán, logrando salvarle la vida cambiando su pena de muerte por una sentencia de diez años.
Se casó con Manuela Villaseñor, hija de un destacado abogado.
Carlos Bustamante fue el fundador de varios periódicos, los cuales apoyaron la lucha por la Independencia como el Diario de México (1805) o El Juguetillo (1812). Este último fue suspendido y Bustamante encarcelado en algunas ocasiones.
En Oaxaca luchó junto a José María Morelos, y participó en la redacción de El Correo del Sur. Preso Morelos, Bustamante también fue arrestado, y desde 1817 hasta 1820 permaneció encarcelado en el Castillo de San Juan de Ulúa.
Carlos María de Bustamante falleció el 21 de septiembre de 1848 en la Ciudad de México. Su cuerpo fue sepultado en el panteón de San Diego de dicha ciudad.